Ehy Jo, guarda che se hai dei file FLAC ti conviene mantenerli tali perché così non perdi in qualità.
Comunque io farei così: Audition, unisco in sequenza i file come hai fatto in Audacity, esporto in WAV (oppure FLAC), e solo in seguito converto in MP3 (se proprio devo) con un programma esterno (Winamp ad esempio)