In seguito alla scomparsa di un'agente federale un sensitivo si presenta all'FBI con delle strane visioni che si collegano al suo rapimento. L'agenzia investigativa, intenzionata a risolvere il caso e ritrovare la collega, decide di chiedere aiuto a Fox Mulder, l'unico in grado di verificare l'autenticità della testimonianza dell'uomo, un ex prete condannato per pedofilia. Dana Scully viene incaricata di stanare l'ex compagno - che vive isolato in una casa in mezzo al nulla - e convincerlo a unirsi alle ricerche. Se Mulder dovesse decidere di contribuire con le sue intuizioni, tutte le accuse nei suoi confronti verrebbero fatte cadere. Tuttavia, nei sei anni che sono passati dall'ultimo caso di "straordinaria quotidianità", Scully ha preso le distanze dal bureau perché stanca di inseguire mostri nelle tenebre e preferisce impegnarsi a trovare soluzioni e terapie a mostruose malattie nell'ospedale cattolico dove opera, mentre Mulder continua a essere ossessionato dal rapimento (extra-terrestre) della sorella. Ragione e sentimento si scontreranno ancora una volta sotto il comune denominatore di X-Files, quei casi che apparentemente non seguono alcuna logica e non hanno alcuna spiegazione ufficiale. Lo scetticismo della donna e la voglia di crederci di lui faranno emergere una verità inquietante sepolta sotto la neve del West Virginia.
A distanza di sei anni dall'ultimo episodio televisivo e dieci dalla prima trasposizione cinematografica diretta da Rob Bowman, X-Files torna sul grande schermo sotto forma di "puntatona" nella quale le deviazioni della scienza si intrecciano al paranormale, con tra le righe i riferimenti religiosi che del serial erano uno dei motivi ricorrenti. Smessi gli effetti speciali e la spettacolarità dell'esordio in lungo e dimenticata la cospirazione aliena, il nuovo spin-off della serie televisiva sci-fi più popolare di tutti i tempi si concentra sull'animo umano - i dubbi, i conflitti, il lato oscuro - e sul bisogno di credere e non arrendersi mai per arrivare alla verità. Il creatore e regista televisivo di X-Files Chris Carter sfrutta il paesaggio innevato del Canada - dove sono state girate le prime cinque stagioni del telefilm - per ambientare l'ultima puntata del serial e chiudere definitivamente il cerchio. La psicologia dei protagonisti è rimasta intatta e la sintonia tra David Duchovny e Gillian Anderson è tangibile e assolutamente non scontata considerato il tempo che è passato dall'ultima "incarnazione" negli agenti Mulder e Scully. Approssimativo invece sembra essere il lavoro svolto (in fase di scrittura) sul caso, che in confronto alle peripezie televisive e al film di Bowman manca di quel mistero che aveva contrassegnato l'intero franchise. Nonostante ciò la "generazione X-Files" sarà lieta di ritrovare in azione i due investigatori, fosse anche solo per dargli l'ultimo addio.