Non ho ancora scritto nessuna tesi perché sono al secondo anno però è da un po' di tempo che uso LyX ma scrivo direttamente senza modificare il codice.. cioè è editor latex ma ti consente di scrivere direttamente come se fossi su word. Per le formule è ottimo perché ha un editor in real time che ti fa vedere le formule già renderizzate. Su mac funziona bene, non ho idea di come sia su windows (è l'unica soluzione che ho trovato per mac all'uso intensivo di formule).

Se non sbaglio poi Mathematica ti fornisce l'output anche in formato tex (compatibile con i software latex).