Detta in maniera molto grezza, i batteri hanno capacità adattative (attraverso mutazioni) molto rapide rispetto all'uomo poichè sono molto semplici dal punto di vista genetico.
Se le dosi della sostanza che dovrebbe ucciderli è troppo bassa, oppure viene utilizzata per troppo tempo, si aumenta la possibilità che il batterio apprenda il modo per difendersi da questa sostanza. Questa resistenza può avvenire in moltissimi modi differenti che non ti sto a spiegare perchè sono anche complessi (ma credo ci sia su wikipedia un buon riassunto).
Come potrai notare il ciclo "arrivo il virus - lo combattiamo con il farmaco" è un circolo vizioso, nel senso che in questo modo siamo costretti ogni tot tempo a modificare il farmaco da assumere con la gioia delle case farmaceutiche che si arricchiscono.
Esempio, un po' differente ma allo stesso modo utile, è quello del vacino contro l'influenza stagionale; Ogni anno è differente perchè il virus modificandosi diventa più o meno resistente al precedente vaccino.