forse ti fa scegliere tra le versioni di windows. Se usi un altro bootloader (lilo o grub), windows non ti chiede nulla e te lo cancella. Prova ad installare prima un sistema qualsiasi (non win) e poi windows. (almeno che abbiano cambiato con Vista... ma fino ad xp, cancellava tutto). Nei sistemi unix curati nei particolari, ti elenca i sistemi che puoi avviare. Ovviamente sovrascrive il precedente bootloader (se non vuoi che questo avvenga, devi specificarlo in fase di installazione)