Se si parla di inserire solo immagini, un .pdf può ovviamente essere convertito e lavorato da qualsiasi programma per l'elaborazione di immagini. Se i grafici hanno didascalie, ovviamente bisogna riscriverle per avere un'impaginazione decente, altrimenti diventa un'accozzaglia di cose con caratteri e stili differenti. È importante anche ricordare che i grafici, non essendo fotografie, non andrebbero convertiti in .jpg, ma possibilmente in .png o in formato vettoriale per motivi di artefatti, che su uno schermo possono essere sopportabili, ma in una stampa tipografica non si possono proprio vedere.
Scusa se sono fanatico, ma io se fossi un professore boccerei un sacco di tesi solo per l'impaginazione dilettantesca (e obbligherei ad imparare LaTeX, ovviamente).