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posso azzardare:
-disco dedicato a SO e disco dedicato ai dati
-più dischi dedicati a SO differenti
-in ottica della precedente: disco di scambio tra i diversi SO
-mirroring dei dischi
...

guarda, dopo aver visto una macchina che a sistema avviato non riconosceva il disco fisso di sistema non mi stupirebbe. oltre a controllare cavi e affini, hai provato con un altro disco di windows?

dal bios lo riconosce?

io non ci vedo nulla di strano
cos'è che non ti quadra?