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ah.. allora dovresti cercare nella documentazione di gnu plot se è possibile bloccare la schermata o qualcosa di simile, tipo uno scanf() fatto partire però da gnuplot e non dal tuo programmino.

Fai come dice salander ;)
E poi nello scanf c'è un errore. Dovresti scrivere scanf("%d", &a);
La funzione fflush(stdin) serve per svuotare il buffer di tastiera; infatti stdin è il "flusso dati"...